LabLynx Wiki

Opcije pristupa Entrez bazi genomskih podataka

Entrez globalni sistem pretraživanja za više baza podataka je federirani pretraćivač, pokretač ili web portal koji omogućava korisnicima da pretražuju mnoge diskretne baze podataka zdravstvenih nauka u Nacionalnom centru za biotehnološke informacije ( Web stranica NCBI).^[1] NCBI je dio Nacionalne biblioteke za medicinu (NLM) Sjedinjenih Država, koji je i sam odjel Nacionalnih instituta zdravstva (NIH), je dio Odjela za zdravstvo i socijalne usluge Sjedinjenih Država. Ime "Entrez" (pozdrav koji na francuskom znači "uđite") odabrano je da odražava duh dobrodošlice javnosti da pretražuje sadržaj dostupan od NLM-a.

Entrez Global Query je integrirani sistem pretraživanja i pronalaženja koji omogućava pristup svim bazama podataka istovremeno s jednim nizom upita i korisničkim interfejsom. Entrez može učinkovito dohvatiti povezane sekvence, strukture i reference. Entrez sistem može pružiti prikaz sekvenci gena i proteina i hromosomskih mapa. Putem sistema Entrez, na mreži su također dostupni i neki udžbenici.

Odrednice

Početna stranica Entreza pruža, prema zadanim postavkama, pristup globalnom upitu. Sve baze podataka koje indeksira Entrez mogu se pretraživati putem jednog niza upita, podržavajući logičke operatore i oznake pojmova za pretraživanje, kako bi se dijelovi izraza za pretraživanje ograničili na određena polja. Ovo vraća objedinjenu stranicu rezultata, koja prikazuje broj pogodaka za pretraživanje u svakoj od baza podataka, koje su ujedno i veze do stvarnih rezultata pretraživanja za tu određenu bazu podataka.

Entrez također nudi sličan intrfejs za pretraživanje svake pojedine baze podataka i za prečišćavanje rezultata pretraživanja. Funkcija Limits omogućava korisniku da suzi pretraživanje interfejsa web obrazaca. Funkcija History daje numeriranu listu nedavno izvršenih upita. Rezultati prethodnih upita mogu se pozvati brojevima i kombinirati putem logičkih operatora. Rezultati pretraživanja mogu se privremeno spremiti u međuspremnik. Korisnici s MyNCBI računom mogu neograničeno spremati upite, a također se odlučuju za slanje ažuriranja s novim rezultatima pretraživanja za spremljene upite većine baza podataka. Široko se koristi na polju biotehnologije, kao referentni alat za studente i profesionalce.

Baze podataka

Entrez pretražuje sljedeće baze podataka:

PubMed: citati i sažeci iz biomedicinske literature, uključujući Medline – članke iz (uglavnom medicinskih časopisa, često uključujući i sažetke. Veze do PubMed Central i drugih izvora u punom tekstu nalaze se za članke iz 1990-ih.
PubMed Central: besplatni članci u cijelom tekstu
Pretraživanje web mjesta: NCBI web i FTP web stranice
Knjige: knjige na mreži
Onlajn mendelovsko nasljeđivanje kod čovjeka (OMIM)
Nukleotid: baza podataka o sekvencama (GenBank)
Protein: baza podataka o proteinski sekvencama
Genome: potpune sekvence i mapiranje ljudskog genoma
Structure: trodimenzijske makromolekulske strukture
Taxonomy: organizmi u taksonomiji GenBank
dbSNP: Jednonukleotidni polimorfizmi
Gene:^[2] gene-centered information
HomoloGene: eukariotske grupe homologa
PubChem Spoj: jedinstvene male molekulske hemijske strukture
PubChem supstanca': pohranjene evidencije o hemijskim supstancama
Genome Project: informacije o Projektu ljudskog genoma
UniGene: gensko orijentirani klasteri sekvenci transkripata
Baza podataka konzerviranih domena proteina (CDD)
PopSet: skupovi podataka o populacijskoj studiji (epidemiologija)
GEO Profili: profili ekspresije i molekulske zastupljenosti
GEO DataSets: experimental sets of GEO data
Arhiva čitanja sekvenci: podaci o sekvenciranju velikog protoka
Hromosomi kancera: citogenetičke baze podataka
PubChem BioAssay: ekrani bioaktivnosti hemijskih supstanci
Probe: reagensi specifični za sekvencu
NLM Katalog: NLM bibliografski podaci za preko 1,2 miliona časopisa, knjiga, audiovizualnih materijala, računarskog softvera, elektronskih izvora i drugih materijala koji se nalaze u LocatorPlus-u (ažurira se svakog radnog dana).

Pristup

Pored upotrebe obrazaca pretraživača za traženje podataka u Entrezu, NCBI pruža i uslužne programe za primjenu u Entrez ^[3] (eUtils) za direktniji pristup rezultatima upita. Pristupaju eUtil-ima objavljivanjem posebno formiranih URL-ova na NCBI poslužitelju i raščlanjivanjem XML odgovora. Postojao je i eUtils SOAP, interfejs koji je ukinut jula 2015.^[4]

Historija

U 1991., Entrez je predstavljen u CD obliku, a 1993. verzija klijenta i servera omogućila je povezanost s Internetom. NCBI je 1994. osnovao web stranicu, a Entrez je bio dio ovog početnog izdanja. U 2001. izlazi „Polica za knjige“ (Bookshelf) Entrez, a 2003. razvijena je baza podataka Entrez Gene .^[5]

Reference

^ NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D8–D20. doi:10.1093/nar/gks1189. PMC 3531099. PMID 23193264.
^ "Home - Gene - NCBI".
^ "Entrez Utilities".
^ "The E-utility Web Service (SOAP)".
^ Smith, Kent. "A Brief History of NCBI's Formation and Growth". The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Pristupljeno 3. 5. 2014.

Vanjski linkovi

[1] NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D8–D20. doi:10.1093/nar/gks1189. PMC 3531099. PMID 23193264.

[2] "Home - Gene - NCBI".

[3] "Entrez Utilities".

[4] "The E-utility Web Service (SOAP)".

[5] Smith, Kent. "A Brief History of NCBI's Formation and Growth". The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Pristupljeno 3. 5. 2014.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]