The US FDA’s proposed rule on laboratory-developed tests: Impacts on clinical laboratory testing

"Cluster 5" adalah nama yang diberikan kepada varian mutasi virus SARS-CoV-2. Cluster 5 ditemukan di Region Nordjylland, Denmark, dan diyakini menyebar dari cerpelai ke manusia lewat peternakan cerpelai. Pada 4 November 2020, populasi cerpelai di Denmark diumumkan akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh munisipalitas Region Nordjylland untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat memperparah tanggapan negara atau dunia terhadap pandemi COVID-19.

Organisasi Kesehatan Dunia menyatakan bahwa Cluster 5 memiliki kepekaan yang agak menurun untuk menetralkan antibodi.^[1] Institut Serum Negara (Statens Serum Institut, SSI) Denmark memperingatkan bahwa mutasi ini dapat mengurangi efek vaksin COVID-19 yang sedang dikembangkan, meskipun tidak mungkin menjadikan vaksin tidak berguna. Setelah karantina wilayah dan pengujian massal, SSI mengumumkan Cluster 5 kemungkinan besar telah punah pada 19 November 2020.^[2]

Di Denmark, terdapat lima gugus varian SARS-COV-2 cerpelai, yang telah ditetapkan Institut Serum Negara (Statens Serum Institut, SSI) Denmark sebagai gugus 1–5 (Denmark: cluster 1-5). Di antara varian ini, tujuh mutasi berbeda di protein bulir telah dikonfirmasi. Mutasi spesifik yang disebutkan adalah del 69–70 (delesi residu histidina dan valina di posisi ke-69 dan ke-70 protein), Y453F (perubahan dari tirosina menjadi fenilalanina di posisi 453, di dalam domain pengikat reseptor protein bulir), I692V (isoleusina menjadi valina di posisi 692), dan M1229I (metionina menjadi isoleusin di posisi 1229).^[3][4][5]

Mutasi yang berkaitan dengan cerpelai yang sebagian menyerupai mutasi ditemukan di Denmark, meskipun bagian dari kelomok genom yang berbeda diketahui berasal dari Belanda.^[6][7]

Pada tahun 2019, Denmark adalah penghasil bulu cerpelai terbesar di dunia;^[8] sebagian besar peternakan cerpelai terletak di bagian utara dan barat Jutlandia.^[9] Dalam beberapa tahun terakhir, secara umum industri ini mengalami penurunan.^[10] Bersama dengan kelelawar, trenggiling, dan manusia, cerpelai adalah salah satu dari banyak spesies mamalia yang dapat terjangkit koronavirus.^[11] Penularan virus dari cerpelai ke manusia dan mutasi yang terkait dengan cerpelai pertama kali didokumentasikan di Belanda,^[6] yang mendorong pemerintah untuk mengajukan larangan peternakan cerpelai hingga akhir 2020 yang dijadwalkan mulai berlaku pada tahun 2024.^[12] Setelah penemuan di Belanda, pihak berwenang di Denmark memulai program pengawasan berskala besar dari semua peternakan cerpelai di negara itu dengan pengujian rutin dan pengurutan genom.^[13] Kementerian Pertanian Amerika Serikat (USDA) mengonfirmasi bahwa kasus cerpelai yang menderita COVID-19 telah didokumentasikan di Utah pada Agustus 2020.^[14] Wabah lainnya juga terdeteksi di Michigan, Wisconsin, dan Oregon.^[15] Hingga 29 November 2020, jangkitan COVID-19 di cerpelai telah dilaporkan di Denmark, Italia, Belanda, Spanyol, Swedia, dan Amerika Serikat.^[1][16]

Pada 4 November 2020, Perdana Menteri Denmark Mette Frederiksen menyatakan bahwa koronavirus yang bermutasi ditularkan ke manusia melalui cerpelai, terutama terkait dengan peternakan cerpelai di Region Nordjylland. Laporan dari Institut Serum Negara menemukan bahwa terdapat 12 kasus jangkitan terhadap manusia (8 kasus di antaranya dikaitkan langsung dengan peternakan cerpelai, sisanya di komunitas terdekat) yang melibatkan mutasi ini di Nordjylland (dirujuk sebagai "Cluster 5"), dan respons antibodinya lemah. Sementara lembaga itu menyatakan bahwa mutasi tampaknya tidak lebih berbahaya daripada koronavirus lainnya, Kåre Mølbak dan Tyra Grove Krause dari SSI memperingatkan mutasi tersebut dapat berpotensi mengurangi efek vaksin COVID-19 yang saat ini sedang dikembangkan, meskipun itu tidak mungkin menyebabkan vaksin itu menjadi tidak berguna.^[5][17][18] SSI menyebut bahwa manakala Cluster 5 menjadi perhatian, mereka juga khawatir tentang potensi mutasi di masa depan yang dapat muncul di cerpelai, yang mengarah kepada anjuran mereka untuk menutup semua peternakan di negara itu.^[19]

Sebagai langkah pencegahan, Mette mengumumkan negara itu sudah dalam proses pemusnahan sekitar 14 juta (laporan awal yang menyebutkan 15-17 juta didasarkan pada perkiraan dari tahun-tahun sebelumnya ketika industri tersebut masih lebih besar) populasi cerpelai.^[20][21] Pada 5 November, untuk mencegah penyebaran mutasi, karantina wilayah dan pembatasan pergerakan akan diberlakukan di munisipalitas Brønderslev, Frederikshavn, Hjørring, Jammerbugt, Læsø, Thisted, dan Vesthimmerland sejak 6 November^[5][22] Semua lembaga budaya, bioskop, teater, fasilitas olahraga dan rekreasi, dan rumah makan diminta untuk tutup serta perjalanan pergi-pulang dilarang. Transportasi umum ditangguhkan pada 9 November.^[23][24] Pengujian massal dimulai (Denmark adalah salah satu negara yang memiliki tingkat pengujian tertinggi di dunia) dan program pelacakan semakin ditingkatkan. Pembatasan di Nordjylland awalnya direncanakan berlangsung hingga 3 Desember, tetapi dapat dipercepat tergantung seberapa cepat pemusnahan cerpelai dan pengujian massal, serta jika tiada kasus baru dari Cluster 5 yang ditemukan.^[25]

Organisasi Kesehatan Dunia menerbitkan pernyataan tentang varian SARS-CoV-2 ini pada 6 November. Dijelaskan bahwa Cluster 5 memiliki perpaduan mutasi yang belum pernah diamati sebelumnya. Varian ini memiliki kepekaan yang cukup menurun untuk menetralkan antibodi, tetapi penelitian lebih lanjut akan diperlukan untuk memahami implikasi yang berkaitan dengan diagnostik, terapeutik, dan vaksin.^[26] Pernyataan ini kemudian digaungkan dalam penilaian risiko yang diterbitkan Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa yang menyebut risiko varian terkait cerpelai mirip dengan risiko COVID-19 umum, tetapi dapat dinilai ulang jika kekhawatiran tersebut muncul dalam hubungan dengan sistem imun, keterjangkitan kembali, vaksinasi, dan perawatan dikonfirmasi berkaitan dengan khususnya Cluster 5. Lembaga itu juga menyebutkan peredaran virus di peternakan cerpelai dapat menimbulkan masalah lain di masa depan dan memberikan pedoman untuk mengelola risiko.^[7][27]

Pada 19 November, setelah pengujian massal, SSI mengumumkan bahwa mereka tidak menemukan kasus baru dari Cluster 5 dan kemungkinan besar mutasi sudah punah. Pembatasan khusus yang ditempatkan di beberapa munisipalitas Nordjylland dicabut pada 19–20 November (mereka masih tunduk pada pembatasan COVID-19 baku yang mencakup seluruh negara dan tidak terkait dengan mutasi cerpelai).^[2]

Pada akhir November, terungkap bahwa Menteri Pangan, Pertanian, dan Perikanan Mogens Jensen dan lima menteri lainnya telah diingatkan pada bulan September bahwa pemusnahan populasi cerpelai di seluruh negara, bukan hanya yang berada di kawasan yang terjangkit, akan dianggap ilegal. Menghadapi seruan pengunduran diri dari pihak oposisi dan kritik masyarakat yang tajam,^[28] Mette mengakui bahwa perintah untuk memusnahkan semua cerpelai adalah ilegal dan Jensen mengundurkan diri pada 18 November.^[29] Sebuah kesepakatan kemudian disetujui untuk secara surut membuat perintah menjadi legal.^[30]

Pada 6 November, Britania Raya mengumumkan Denmark akan dikeluarkan dari daftar putih "koridor" di negara-negara tempat para pelancong dapat kembali tanpa melakukan isolasi mandiri selama 14 hari sehubungan dengan varian Cluster 5.^[31] Keesokan harinya, negara itu mengumumkan juga akan melarang masuknya warga negara asing yang bepergian dari Denmark dan warga negara asing yang pernah ke Denmark dalam 14 hari terakhir. Warga negara Inggris masih diizinkan kembali ke tanah air, tetapi mereka berikut semua anggota keluarganya harus mengisolasi diri selama 14 hari. Larangan perjalanan ini akan ditinjau setelah seminggu.^[32][33]