Knowledge Base Wiki

Search for LIMS content across all our Wiki Knowledge Bases.

Type a search term to find related articles by LIMS subject matter experts gathered from the most trusted and dynamic collaboration tools in the laboratory informatics industry.

Entrez標誌

Entrez全局查詢跨數據庫搜索系統是一個聯合搜尋（英语：Federated search）引擎。它能讓使用者能一次搜尋NCBI網站上的許多不同的健康科學數據庫[1]。該數據庫能快速搜尋蛋白質的一級結構、高級結構，以及相關的參考資料。Entrez系統同時還提供基因的序列信息以及染色體定位。另外，可以從Entrez系統上獲取一些教材。其名稱「Entrez」（源自法語，意思爲「進來吧！」）旨在表現該數據庫歡迎公眾搜尋NLM（國家醫學圖書館）的內容的熱情。

數據庫

Entrez會在下列數據庫中進行搜尋：

  • PubMed
  • PMC（PubMed Central免費獲取PubMed上的文章全文）
  • 站點搜尋：NCBI網頁以及FTP
  • 在線圖書
  • 人類孟德爾遺傳學 (OMIM)
  • 核酸序列數據庫 (GenBank)
  • 蛋白質序列數據庫
  • Genome：人全基因組序列以及染色體定位
  • Structure：大分子三維結構
  • Taxonomy: GenBank中生物的分類學
  • SNP:單核苷酸多態性
  • Gene:[2]基因以及相關信息
  • HomoloGene：真核生物同源群
  • PubChem 小分子化學結構
  • PubChem Substance（PCS）: 化學物質信息
  • 基因組計劃：基因組計劃信息
  • UniGene：轉錄序列的基因導向簇
  • CDD（英语：Conserved domain database）：保守的蛋白質結構域數據庫
  • PopSet：群體研究資料集(流行病學)
  • GEO Profiles：基因表現以及表現水平的數據
  • GEO DataSets: GEO數據的實驗數據集
  • Sequence read archive（序列讀取存盤）：高通量測序數據
  • Cancer Chromosomes（癌症染色體）：細胞遺傳學數據庫cytogenetic databases
  • PubChem BioAssay（PubChem生物測定）：化學物質的生物活性背景bioactivity screens of chemical substances
  • Probe：序列特異性試劑
  • NLM Catalog: NLM目錄，包括總數達120萬的期刊、圖書、多媒體資料、計算機軟件、電子資源，以及其他一些LocatorPlus上的資源，每週都會更新。

使用

除了直接使用Entrez搜尋全局資料外，NCBI還提供了Entrez的編程工具[3]（eUtils）。使用這個工具能得到更精確的結果。

歷史

1991年，Entrez資料庫以CD的形式開始運作。1993年，Entrez建立了因特網上的資料庫。1994年，NCBI建立了網站，Entrez也自然成爲網站的一部分。2001年，Entrez暑假上線。2003年，NCBI開發了Entrez基因數據庫[4]。

參考

  1. ^ NCBI Resource Coordinators. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research. 2012, 41 (Database issue): D8–D20. PMC 3531099 可免费查阅. PMID 23193264. doi:10.1093/nar/gks1189. 
  2. ^ Home - Gene - NCBI. [2017-01-25]. （原始内容存档于2017-01-24）. 
  3. ^ Entrez Utilities. [2017-01-25]. （原始内容存档于2017-01-18）. 
  4. ^ Smith, Kent. A Brief History of NCBI’s Formation and Growth. The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. [3 May 2014]. （原始内容存档于2019-01-13）. 

外部連結

source: https://zh.wikipedia.org/wiki/Entrez