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mit Jonathan Kaplan: Making Sense of Evolution. The University of Chicago Press, 2006, ISBN 0-226-66837-1. (Philosophische Untersuchung der grundlegenden Konzepte der Evolutionstheorie)
Phenotypic Integration. Oxford University Press, 2003, ISBN 0-19-516043-6. (Sammlung technischer Essays über die Evolution komplexer biologischer Organe)
Denying Evolution: Creationism, Scientism, and the Nature of Science. Sinauer, 2002, ISBN 0-87893-659-9. (Buch über die Kontroverse Evolution - Schöpfung, besseren wissenschaftlichen Unterricht und die Schwierigkeiten der Leute, kritisch zu denken)
Phenotypic Plasticity. Johns Hopkins University Press, 2001, ISBN 0-8018-6788-6. (Technischer Band über die Forschung bezüglich „Erbe versus Umwelt“)
mit Carl Schlichting: Phenotypic Evolution. Sinauer, 1998, ISBN 0-87893-799-4. (Technischer Band über den derzeitigen Status und die Zukunftsaussichten der Evolutionstheorie)
Artikel
Im Folgenden eine Auswahl seiner zahlreichen Artikel:
M. Pigliucci: Is evolutionary psychology a pseudoscience? In: Skeptical Inquirer. Band 30, Nr. 2, 2006, S. 23–24.
M. Pigliucci: Science and fundamentalism. In: EMBO reports. Band 6, 2005, S. 1106–1109.
M. Pigliucci: The power and perils of metaphors in science. In: Skeptical Inquirer. Band 29, Nr. 5, 2005, S. 20–21.
M. Pigliucci, J. Banta u. a.: The alleged fallacies of evolutionary theory. In: Philosophy Now. Band 46, 2004, S. 36–39.
M. Pigliucci: What is philosophy of science good for? In: Philosophy Now. Band 44, 2004, S. 45.