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Die estnische Männer-Handballnationalmannschaft vertritt Estland bei Spielen und internationalen Wettbewerben im Männer-Handball. Seit 1995 nimmt die Mannschaft an Qualifikationen zu Welt- und Europameisterschaften teil, konnte sich bisher aber nicht für eine Endrunde qualifizieren.
Im Jahr 2001 unterlag das estnische Team bei der EHF Challenge Trophy mit 22:31 im Finale gegen Lettland.
In der Vorausscheidung zur Handball-Europameisterschaft der Männer 2016 setzte sich die estnische Auswahl gegen Irland und Belgien durch und verlor jedoch in den Play-off-Spielen gegen die Schweiz.