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Charlotte Kerner verbrachte ihre Kindheit und Jugend in Speyer. Nach ihrem Studium der Volkswirtschaft und Soziologie in Mannheim arbeitete sie zunächst an einem stadtsoziologischen Forschungsprojekt; daran schlossen sich jeweils einjährige Studienaufenthalte in Kanada und der Volksrepublik China an. Ihre Erfahrungen und Erlebnisse dort veranlassten sie 1980 zu ihrem ersten Buch über die Stellung von Frauen und Mädchen in China. Als Journalistin arbeitete sie u. a. für GEO-Wissen, Die Zeit und Emma, als Pressereferentin war sie für Jugend forscht tätig.
In ihren Romanen befasst sie sich mit Wissenschaftsthemen, insbesondere der Biomedizin, Gentechnik und Anthropologie. In diesen Büchern wie auch den Biografien lotet sie vor allem Frauenleben psychologisch aus, oft stehen Naturwissenschaftler im Mittelpunkt.
Im Jahre 1987 erhielt sie zum ersten Mal den Deutschen Jugendliteraturpreis (Sparte Sachbuch) für ihre Biografie Lise, Atomphysikerin. Die Lebensgeschichte der Lise Meitner und dann 13 Jahre später, 2000, in der Kategorie Jugendbuch den Staatspreis für den Zukunftsroman Blaupause – Blueprint, der 2004 mit Franka Potente in der Hauptrolle verfilmt wurde. Der Roman, der in dreizehn Sprachen erschien, begleitete Kerner auf vielen Lesereisen, auch auf Einladung des Goethe-Instituts, nach Dänemark, Frankreich und Israel, Kirgistan und Usbekistan sowie den USA und Israel.
Im Jahr 2012 verbrachte die Autorin drei Monate in der Volksrepublik China und unterrichtete an verschiedenen Hochschulen chinesische Deutschstudenten als Kurzzeitdozentin des Deutschen Akademischen Austauschdiensts.[1]